30 червня 1941 року він брав участь в проголошенні Акту про відродження Української держави у Львові, очолив спеціальну похідну групу із завданням провести таку ж акцію у Києві. Арештований гітлерівцями під Києвом. Утікав, продовжив підпільну роботу, очоливши в Дніпропетровську Провід ОУН.

Кук уперше впровадив у практику ОУН випуск листівок російською мовою. Архівні документи свідчать про те, що йому вдалося залучити у підпілля представників етнічно неукраїнського російськомовного населення.

З 1944 року Василь Кук повертається до Галичини, стає одним з найближчих соратників Романа Шухевича, пізніше його заступником. Після смерті останнього в березні 1950 р. переймає обов’язки керівника УПА. Захоплений в полон в 1954 р. Василь Кук шість років знаходився в ув’язненні, звідки був звільнений за часів хрущовської «відлиги».

З 1960 року працював в Центральному державному історичному архіві в Києві, в Інституті історії АН УРСР. Після написання роботи «Марксизм про українське національне питання» був звільнений із забороною працювати в школах і наукових установах.

До кінця життя продовжував брати участь у суспільному житті: очолював науковий відділ Братерства ОУН-УПА, публікував спогади, виступав перед молоддю і на наукових конференціях.